Mit neuen Sequenziertechniken wie dem Next Generation Sequencing (NGS) können deutlich sensitiver resistente HI-Viren als in der Vergangenheit mit der Sanger-Methode erkannt werden. Dies ermöglicht bei einem Therapieversagen eine frühere Anpassung der Therapie.

Meist werden resistente HIV-Subpopulationen parallel zu sensiblen (Wildtyp-)Viren gefunden. Mit der neuen Sequenziermethode werden alle Virusvarianten klonal amplifiziert und parallel sequenziert. Mit NGS können Resistenzen identifiziert werden, auch wenn diese nur in einem Anteil von 10 % der Gesamtpopulation existieren. Dagegen lassen sich mit der traditionellen Sanger-Sequenziertechnik solche resistenten Viren erst detektieren, wenn mindestens 20 % der gesamten Viruspopulation diese Resistenzmutationen tragen.

Die meisten Daten zur Wirksamkeit antiretroviraler Medikamente beziehen sich auf den bei uns häufigsten Subtyp B. Resistenzvermittelnde Mutationen können für ein Medikament innerhalb verschiedener Subtypen variieren. Deshalb erfolgt mit der Resistenzbestimmung auch eine Subtypisierung des Virus.